HERV35I
Basic information Differential Expression Stage analysis Survival analysis Correlation analysis| DF ID | DF0000171 |
|---|---|
| TE superfamily | ERV1 |
| TE class | LTR |
| Species | Haplorrhini |
| Length | 6918 |
| Kimura value | 14.35 |
| Tau index | 1.0000 |
| Description | Internal region of an ERV1 endogenous retrovirus, HERV35I subfamily |
| Comment | Internal sequence of an endogenous retrovirus with associated LTR35 LTRs. This is an ancient, non-autonomous LTR retrotransposon. The primer binding site is complementary to proline tRNA. |
| Sequence |
ATTCTTTCGGGGCTCGTCCGGGATCACGGGACGTGGGGAGCATTTTCCTCCCCGGAGGGGGAGGCTTGTGAGCCAGCAGGACNGCCGGGCGTGACCCCTTCGCGGCTGACGGGCGGCCGCCTGAATCTTTGATTCAGCGTCGCCGCAACTGGTGAGTTTTCCTCCGGCCTCCCGGAGACTCCTCGCCANCCCCCCACAGACAATGCTTTTCCTCCCCTCCTGTCCCCNNTATTCGTTGTGTCTTTCTTTTTCCTTCTTCTTTCCGNCGCCCNNNNCGCTTTCCCTCTCTTCCTTCGCTTTTCATTAACTTCATCGGCTCNGCCTGAATAGACACCCNTGCGGGACGGATTGAAACGGCNNNNNNNNNNAGCTGGTTTTGGCTCAGCCTGAATAGACATCCGTGCAGGATGGATTGAAACGGNTGACTNNCCGGGNCTGATCGGTCCAGCTGGTAGGAAACTCTGTCTGGCGCCCTGCCTTTGACNTCCGTNNTCTNGCCTAAGTCGNCTNGGTATTGAGTNCCAAGAAAANNNNNTCTCTCTCTCCCTTTGTCACTCTCCCTNCCTGGCACCCTGGCCCTTGATCCTGTAACTATTCNAAACCCNTCATTACTTCACTTCCCTTCTNGTGGGGAAGGGAGGCCTGTNATNTTTCNGGGCGTCTGTCTGTCCGAACGTGTGGTCCTGTCAGNTNNGGGGNNNAGANTGCCTNAGACAGGGTGCTGGGGATGCCCGGCTGGCCTTCAGGAAGGCACCAGGNACACCTGGGTNCGAAGTTTGCANTATTGGTNTCCTGATCCGNTTTTCCTTTACAATAAGAAAAGTTNTGNGTTTAANTTGACAACTTNTTCCCCCATGCAGCCCGTTGGGCTGCATCTTGCAAAAANNNTTGAGAGGCTTTTGCCTATGGTTCCATGAAATGGAAAAGGATGATTTTCTTTNCGNNNNNNNNNCTNTTNNNNNTGTAACGCGGCTTGGCCCCCACAGCTATGGCGCAGCGAGCAGGGTCACCAAAAGCCGCTCCGCTCTTCCGGAAGCCGCAGNGAAAGGGAACCCAGAAACCTGGCANGCCGGCAAAAGGGTAAGAATTTCTTACCAGCCAGGCTTCTGGCCTCTCTCTCTCTGTGCAAACCGGTTGAGTGAACGGTAAAAATCACTGTTTGTCTCCTCTGCAAGGTTTTGATTAATGGGAAAAAGGATTTGTGAGACTAGTCTTAGGCTGTAGCGAATCTGGTGTACTTTGTGCTATGAATTTGTCTTTCTGTGTCGTTCTGTCATAAAGAGGGGTACCATAGGATAGAACGCGGGCCTAGGACCCCTATAAGCCCGCTGTTCGAGCCGGCCCTGCAGACTGGTCAGTTACAAACTTTGCTGCGGGTCCCTGAAACAAAAACCGGATGAGGTTTCCCTCTCGTCTTGTTTTATGTCCTTGAGAGCTTGACTTTGTGACCATGTGGGGGTACTCTCTCTTGGTCTCCGCCATCCGGAGGGCGGGAATTTTCGGGTTCATGTCAGGCGGCCGGTCTGAAAGGACCGGGAGTCCGAGACGCGTCAGCACACTCTTCGTCCGAATGTGTCAAGCCCTTGGGTGAGTTTTGTCTTAAAAGGTCCCATCCCTACGGGGCTTTTGTCGTCTTTTGCTATCTTAAGCCCATTTCTGAGAGTGAATTCTTGGGGATCATGGAGATGCCTCCTCTACCCCCTCTCTAGAAATACCTCTTGCTTATATGGTNNCCGNNAAAAACCTGGAAAATTACCATCTGGGCTTTAAAAGGCTTTTGGATTGAGTCGCTATTGGAACTAAGTACACCATTAAAAGAAAAAGGATTTTAGAGATCTCTTATTCTAAACAATTGATNAAAAAGGTTTAAATTAAAAGAAGGATACATAATAATGTCATGGCTAGCCTTAAAAATTCTCTTGAGCAGTTNAAAATCCTTTGCAAGCTCGAAANTGNCTGCTCTAGACTCCTTCTGGGAAGAGCAATGGCGACCGCCCCATGCTGTAGCTCAGTAGCTAAGGCTTTGCCCTTTCACGATGGCGGCCTGGGTTCAATTCCTGGCTTAGGGAATGAGTCCTTTCTGGTTTGATATTTGTGTGACTTTTGCCATTTATTGATTCTTTTCCCCTCCATGGACAGCTTCTGATTTCCTGTCTTGAATTTTCCTTTCTCTGAGCTACCTTTGGGGTGATTCTAGATCTTGTAAAAACCGCTTGCCATCTCTTTGGAGACACCTCGTGCGTCCGTGGTTAAGTCATAACCTTAGTTAAGGCTTATTGGTTTCACTTGGGAGGATACCTTTGGNNANAAAAAAANAAAAAAGGCTTAAAAGCCAGAGGTATCGGCTGTTTGTCCCGGCTAAAGTCTGGTAATAAGAGATTTAAAAGGNTTTTTNTTNNNNNAAAAGAGCTCTATGGTTAAAAGTCAGCTTAATTAAAAGCNGATATCCAAGCTATATATATATTTAAAAGGCCTTTATGCTTTTTTCTCTTCTTGGATCTTGTTTTTTGAGAAAACGNNNNNNNCGTTTGAGAAAAAAAGTTTTTTTTTCTTCTCAGTCGACTGAATTGTTTCTCCATTTACTTCTGTCTGTCTTCTTGCCACCCTCGATGCCCACATGAGAGGACCTAAGGTAATTTCTGACAGCCTGGGACTCCTTGGGAAAAACAGNNAAGGCGCCACAGACCCCGTTTTGGGAGAAACCTCTGTTTTCCTCATGGAACCCCAAGAACTGTAAGCGGACAGGTCCCTCTCAAAATCTAAGGCTCTGCTCTGTTTTGCNTTGCGTCGTNTTACCTGACCTTTTTGACTTTTGGGGGCATCAGAAATTACTTTGCATTATGAGAAAACTTTTAGCCTTGGTGTGTAATAGCTAGGTAAGAGATATACTTTTAGGGATGGCTAATGGCAGTTGCTTACAGTGAGTGGTTATTACTACAGGGCGATACTCCTTTCTTTGCGCGTTTAGATAAGAAAAGCGTGCTCTTGGGCACCTAGAAGGTATGGAATGGGGGGATGGGCTGATTACAGAGTGGGCTGATTGGCNTTGGGTTGCCCACCAGCCTCGGGGAAATGTCCTTGCAATGAAATGCACCGTGGAAGCATTGCACTGTCTCGTCCCGTAGCGTTTCCCTCTTTTNGGGGACCCAGGATTCGGTGTAAAAATGGGATCCTTGATTTTTGGGGATCTGTTTTGCCTTCCAGCTGTGCCTGCTTATTAGGCCCTAGAAACTGCATGCTTTCCTGGCCCTGTTCCTTAAAAGGCTCCACCCTAAAGCCAGTAATCCAATTNAGAAACTNACATCTTTAAGGAAATCTCCACGTGTAAGAGTGTCTGCTTTTCCTGGCCATCTTAACTGAACTTTTACTCACACCATTTTTCCTTGGTTTGAGTAAAATATAAATTCTCTACCTTGTTTCACCTAAGAGTCGTCCCTTTAGAAATGCAAATTTAGAGTTGCCTAGCTAACAATTGTTTAGGGCAGGGAACAGGTAATCAAGAGACTGATGGTCTAAAATGGGAAAGAGAAACTTAAAAACTGGCAAATGAAAAATCTTATAACTCTACNAGATCTGCTTCTGTCTGTNTATTTATGTNTTGTGTGTGTGATGTATATATAAAAGAGCTCTAATTAATTGGCTTAAAGAAAAATAAGCGCTTAAATNAAATATTTTGTCAGAAAAAATAGAAACTTNAATGCCTTTTAGTTCACGTGACTTTAGTAATCTTTGGTAAATAAAGACAGTTTTAAAGATTATTGGTAAAATAAAATAAAAACGTCTTCAAAATTTAGACATTTGGTCTAAATTAGGCAGGTCAGATACTGTCTTTGCTAGATGCTTTAAGGTCATAAACTGCTTCTNTGACTTTTGATAATTGTTCGACTTGCCTGCTTTAGAGCCATTAGATTCTAGGTAAGGCCTGGGGACATGTGGAGTTAGCCATGCCCCCTAGCTATGCTGGAAAGAGTCAGACNTTATCTGCAGTTCTGTCCTGTGTCCTAGGCTCTGCACCTGGTACATAATTAAAATTGCTTACACTAAAAATAAAAATTATGTGTTTTTGGTAAAAGGTTATAAAAAGGCATGGGAATGTGGTTTTTTAAGAGAAAGTAATTTTGTCTAGTTTAGAGGGTTTNAAGGATGTTTTAAGTTNNAAAGAAAGAAGAATAAAACTGAAGGTTTAAGCAAGTTGTAGAAGGTTTGTGAAAGATTAATCTTGTAAAAGAAATTCTGTGTGTGAGCAAGTTGGCTAAAATTTAAAGGGNATTATTTAGTTTTTCCGTAAATTGAACATTAAAATAAAAAGCACACTGATGCAGGGCCAGAATCTGGGCCCNTGTGTCNGAATAACAGGGTTTTCTTGGAGCATTGATCTGCTCTTTAACAGAAAATTGTAAAGGGTTATAAAAGGTTTATGAAAATCTTACCTTATGGTCAAACTGATTAAGATTGGATAGATTTGTTTATNNNAAGGTTTTATTAAAATTGGNTTTAGCATTAATACACTAATGCAAAGGTAAAATTTGGTTTTCTCTTTTGAACAAGATTTTCGTGTACCTGCAGAAAAAAGGGAGAGAGAAGAGACAGATTCAGTTGGCCTCATGCTGTCTTTATTGGGTCTTGTTGTTTGGAAAGCTGAGTCTCCCCTCTATCAANGAGTAAAGGTTTTTGNCTTTNTTAAAATNTTTGAAGTNATCATTTTGGCTAAATAAATGACTTATGGTGACCTGNGATTCTATTTTGTGATATCAAGTGTTTTAAACCTTTNGATATTTGACAAACTTTCCAAAATCAAATTTTTGACCTNATTAANCTTTTTAGATATTAGGTCCCCTGAAGTCCAAAAGAGACATATTCGGCTTATTTGGTATATTAAAATCATACAGGAAGCATTGTCAAATATAAAATGGTGTTTAACTTTCTTTGGGTTATATTTATATGTTATTAGTATGTGTTCCAAAATTGTATGAGATTCCTATAATTCTGATATGTCTCAG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|
TF motifs of the concenus sequence
Use FIMO to detect transcription factor motifs in the concenus sequence of the TE family.
| TE_family | TFBS | Start | End | Strand | Score | Matched sequence |
|---|---|---|---|---|---|---|
| HERV35I | BPC5 | 2568 | 2597 | - | -27.89 | GAAGACAGACAGAAGTAAATGGAGAAACAA |
| HERV35I | BPC5 | 1243 | 1272 | - | -31.33 | AGAACGACACAGAAAGACAAATTCATAGCA |
| HERV35I | BPC5 | 234 | 263 | - | -41.41 | GAAAGAAGAAGGAAAAAGAAAGACACAACG |
| HERV35I | BPC5 | 232 | 261 | - | -41.79 | AAGAAGAAGGAAAAAGAAAGACACAACGAA |
| HERV35I | BPC5 | 1245 | 1274 | - | -47.34 | ACAGAACGACACAGAAAGACAAATTCATAG |
| HERV35I | BPC5 | 3515 | 3544 | + | -47.90 | AAAATGGGAAAGAGAAACTTAAAAACTGGC |
| HERV35I | BPC5 | 2572 | 2601 | - | -48.11 | GCAAGAAGACAGACAGAAGTAAATGGAGAA |
| HERV35I | DAL81 | 1479 | 1497 | + | -52.00 | CCATCCGGAGGGCGGGAAT |
TFBS enrichment in GRCh38
Use Fisher's exact test to perform enrichment analysis of transcription factor binding sites in the TE family of GRCh38.
